Podstata pružné pracovní doby spočívá v tom, že zaměstnavatel neurčuje zaměstnancům začátek a konec směn v jednotlivých dnech, ale stanovuje jim jen úseky základní a volitelné pracovní doby. V základní pracovně doby jsou zaměstnanci povinni být na pracovišti. V rámci volitelných úseků si sami zaměstnanci rozhodují, kdy budou práci vykonávat, tak aby stihli plnit zadané pracovní úkoly a v rámci zaměstnavatelem stanoveného vyrovnávacího období (může činit až 26 týdnů nebo až 52 týdnů, pokud to stanoví kolektivní smlouva) naplnili stanovenou týdenní pracovní dobu.
Z povahy věci se pružné rozvržení pracovní doby neuplatní v případě zaměstnanců vykonávajících práce, které musí zaměstnavatel organizovat tak, že určuje přesný začátek a konec výkonu práce (například zaměstnanci, kteří se střídají na pracovišti ve směnách, jež po sobě navazují). Zaměstnavatelé proto zpravidla stanovují okruh zaměstnanců, jichž se bude pružná pracovní doba týkat. Půjde nejčastěji o zaměstnance vykonávající administrativní a odborné činnosti, jejichž výkon si mohou do značné míry organizovat sami zaměstnanci.
Ani při uplatnění pružné pracovní doby nesmí délka směny přesáhnout dvanáct hodin.
I při pružném rozvržení pracovní doby se uplatňuje pravidlo, podle nějž musí být zaměstnanci seznámeni se změnou rozvrhu alespoň dva týdny předem, nebyla-li dohodnuta jiná doba seznámení.
Pokud by pravidla pružné pracovní doby nastavená u zaměstnavatele pro všechny zaměstnance nebyla u určitého konkrétního zaměstnance vyhovující, není vyloučeno určit tomuto zaměstnanci pravidla individuální. Tato individuální úprava se může týkat například začátku a konce úseků základní a volitelné pracovní doby.
Podle zákoníku práce se pružné rozvržení pracovní doby neuplatní při pracovní cestě, při nutnosti zabezpečení naléhavého pracovního úkolu ve směně, jejíž začátek a konec je pevně stanoven, brání-li jejímu uplatnění vážné provozní důvody, v době dočasné pracovní neschopnosti, karantény či ošetřování člena rodiny a v dalších případech určených zaměstnavatelem.
Tam, kde se neuplatní pružné rozvržení pracovní doby, se zaměstnance, který jinak v tomto režimu rozvržení pracovní doby pracuje, bude týkat pevné rozvržení pracovní doby do směny, jež musí zaměstnavatel pro tyto účely určit.
Ačkoliv lze toto určení provést i individuálně vždy v každém jednotlivém případě, kdy je to třeba, lze doporučit, aby zaměstnavatel takové určení pevné směny provedl i obecně ve vnitřním předpise, kterým upravuje pružnou pracovní dobu. Toto určení pak poslouží v případech, kdy z různých důvodů nedošlo nebo nemohlo dojít k určení individuálnímu.
Při pružné pracovní době se uplatní zvláštní přístup k některým překážkám v práci na straně zaměstnance. Některé překážky se totiž posuzují jako výkon práce jen v rozsahu, ve kterém zasáhly do základní pracovní doby. Příkladem takové překážky je vyšetření nebo ošetření ve zdravotnickém zařízení.
Má-li například zaměstnanec základní pracovní dobu od 9 do 13 hodin a v určitý den absolvoval lékařské vyšetření, které trvalo od 8 do 15 hodin, posoudí se jako výkon práce pouze doba spadající do základní pracovní doby, tedy čtyři hodiny. Na zbytek doby strávené vyšetřením bude pohlíženo tak, že zaměstnanec využil úseků volitelné pracovní doby, kdy nemusel být v práci, a také v práci nebyl.
Pokud jde o překážky v práci vymezené přesnou délkou nezbytné doby, posuzuje se jako výkon práce celá tato doba. Je-li touto dobou například jeden den, považuje se za něj doba odpovídající průměrné délce směny zaměstnance.
Příkladem takovéto překážky je například volno na vlastní svatbu, které přísluší zaměstnanci v pevně stanoveném rozsahu dvou dnů.