Aleš Šustr od roku 1997 působí v daňové správě.
Od počátku se zabývá problematikou daňového procesu.
Od roku 2002 působil jako vedoucí oddělení metodiky správy daní na Finančním ředitelství v Plzni, kde se zabýval komplexní problematikou daňového procesu včetně daňové kontroly a výkonu rozhodnutí.
Aleš Šustr je v současnosti ředitelem odboru právního a daňového procesu Generálního finančního ředitelství, a také členem expertní skupiny MF pro přípravu daňového řádu.
Aleš Šustr se věnuje rovněž přednáškové činnosti. Podílí se na celorepublikového vzdělávání ÚFO (územních finančních orgánů), orgánů územní samosprávy, celních orgánů i komerčních subjektů.
Publikuje články z oblasti daňového procesu v odborných periodikách, např. v Poradci, DHK a Právním rádci. Je autorem naší publikace Nový daňový řád 2011. Dále je spoluautorem publikace Průvodce novým daňovým řádem.